中学校校舎

２０１４年（平成２６年）に藤井学園創立９０周年事業で新築されました。
ファサードのカラフルなパネルは「多様性」を表します。
様々な個性をもった生徒たちが集まり、この学び舎で夢と希望をいっそう育んでほしい、という願いが込められています。

校舎内には、普通教室のほかに、課外授業等で使用する演習室、小教室、理科室、図書室、保健室、職員室があります。

ユリーカホール

多目的ホール

入学式や講演会、イベントなどが開催されます。
約５００名を収容できます。

体操場

体操競技の公式戦の会場になっています。

同窓会室

卒業生が同窓会で使用します。
丸亀女子教員養成学校、藤井高等女学校、藤井女子商業学校で使われていた机や時計、教科書などが保存されています。

トレーニングルーム

ホグレル（初動負荷マシーン）やソニックス（音波振動マシーン）、高気圧酸素BOX、InBody（体成分分析装置）などの機器が設置されています。

運動フロア

テニスコートやバスケットボールの試合ができるコートがあります。
体育の授業で使用するほか、ここで活動している部活動もあります。

天文台

７０ｃｍ反射天体望遠鏡とプラネタリウムがあります。
本校生徒のための天体観測会を実施しています。
近年は、地域の小学生を対象に、望遠鏡で月や惑星を見たり、プラネタリウムで星座の神話を学んだりする天文講座も実施しています。本校には星のソムリエ（星空案内人）の資格を取得している教員がいます。

高校校舎

蓬莱中学生は蓬莱高校の施設・設備も利用しています。
授業では、コンピュータ室、美術室、音楽室を使用します。
部活動では、グラウンド、体育館、テニスコート、卓球場、美術室、音楽室などを使用します。

体育館

蓬莱高校の体育館を、体育の授業、全校集会、講演会、情操教育、球技大会などで使用します。